| Issue Date | Title | Author(s) |
| 2024 | Accurate informatic modeling of tooth enamel pellicle interactions by training substitution matrices with Mat4Pep | Keeper, Jeremy Horst; Seto, Jong; Ören, Ersin Emre ; Horst, Orapin V.; Hung, Ling-Hong; Samudrala, Ram |
| 2023 | Computational Study of the Role of Counterions and Solvent Dielectric in Determining the Conductance of B-Dna | Wang, Yiren; Demir, Büşra; Mohammad, Hashem; Ören, Ersin Emre ; Anantram, M. P. |
| 1-Dec-2018 | Detection and Identification of Genetic Material Via Single-Molecule Conductance | Li, Yuanhui; Artés, Juan Manuel; Demir, Büşra; Gökçe, Sümeyye; Mohammad, Hashem M.; Alangari, Mashari; Anantram, Manjeri P.; Ören, Ersin Emre ; Hihath, Joshua |
| 2018 | Dna : Rna Hibrit Yapılarındaki Mutasyonların Moleküler Yapı ve Elektriksel İletkenlik Üzerindeki Etkilerinin İncelenmesi | Demir, Büşra |
| 2023 | Dna-Au (111) Interactions and Transverse Charge Transport Properties for Dna-Based Electronic Devices | Demir, Busra; Mohammad, Hashem; Anantram, M. P.; Ören, Ersin Emre |
| 2022 | Effects of Anisotropic Surface Drift Diffusion on the Strained Heteroepitaxial Nanoislands Subjected To Electromigration Stressing | Ogurtani, Tarik Omer; Celik, Aytac; Ören, Ersin Emre |
| 2024 | Electronic Properties of Dna Origami Nanostructures Revealed by in Silico Calculations | Demir, Büşra; Akın Gültakti, Çağlanaz; Köker, Zeynep; Anantram, M. P.; Ören, Ersin Emre |
| Mar-2016 | Engineered Chimeric Peptides as Antimicrobial Surface Coating Agents Toward Infection-Free Implants | Yazıcı, Hilal; O'Neill, Mary B.; Kaçar, Turgay; Wilson, Brandon R.; Ören, Ersin Emre ; Sarıkaya, Mehmet; Tamerler, Candan |
| 2013 | Epitaksiyel Gerginliğe ve Yön Bağımlı Özelliklere Sahip İnce Filmlerde Film/altlık Arayüzey Denge(sizlik) Durumlarının ve Kuantum Noktalarının Oluşumunun Bilgisayar Modellemesi | Ören, Ersin Emre ; Oğurtanı, Ömer Tarık; Çelik, Aytaç; Şengül, Mert Yiğit; Haddadian, Sanam |
| Apr-2016 | Few Layer Graphene Synthesis Via Sic Decomposition at Low Temperature and Low Vacuum | Kayalı, Emre; Mercan, Elif; Ören, Ersin Emre ; Büke, Zarife Göknur |
| 2019 | Grafen – Bakır Lamine Yapılı Isı Dağıtıcı Plaka Geliştirilmesi | Büke, Zarife Göknur ; Kayılı, Serkan; Ören, Ersin Emre |
| 2012 | Grain Boundary Grooving in Bi-Crystal Thin Films Induced by Surface Drift-Diffusion Driven by Capillary Forces and Applied Uniaxial Tensile Stresses | Akyıldız, Öncü; Ören, Ersin Emre ; Oğurtanı, Tarık Ömer |
| 2019 | Graphene/Copper Heterostructures for Thermal Management | Caylan, Ömer Refet; Demir, Buşra; Ören, Ersin Emre ; Köktürk, Tolga; Büke, Zarife Göknur |
| 2024 | Identifying SARS-CoV-2 Variants Using Single-Molecule Conductance Measurements | Aminiranjbar, Zahra; Akın Gültakti, Çaglanaz; Alangari, Mashari Nasser; Wang, Yiren; Demir, Büşra; Köker, Zeynep; Ören, Ersin Emre |
| 2018 | Kontrollü İlaç Salım Sistemlerinin Modellenmesi ve Tasarlanması | Şahin, Mervenaz |
| 2018 | Kristalli Katı Yüzeylerde Kuantum Nokta Oluşumlarının Elektrik ve Gerinim Alanları Altında Modellenmesi | Ören, Ersin Emre ; Oğurtanı, Ömer Tarık; Çelik, Aytaç |
| 2017 | Kuantum Noktalarının Elektrik ve Gerinim Alanları Etkisi Altında Modellenmesi ve Tasarımı | Aydın, Nur Seda |
| 2023 | Mapping Dna Conformations Using Single-Molecule Conductance Measurements | Alangari, Mashari; Demir, Büsra; Akin Gültaktı, Çağlanaz; Ören, Ersin Emre ; Hihath, Joshua |
| Sep-2011 | Mesoscopic Nonequilibrium Thermodynamics Treatment of the Grain Boundary Thermal Grooving Induced by the Anisotropic Surface Drift Diffusion | Akyıldız, Öncü; Ören, Ersin Emre ; Oğurtanı, Tarık Ömer |
| 2016 | Mikro/nano Elektronik Uygulamalarda Kullanılmak Üzere Dik Hizalanmış Karbon Nanoyapıların Sentezi | Büke, Zarife Göknur ; Oğurtanı, Ömer Tarık; Ören, Ersin Emre |
| 2020 | Moleküler Katkılamaların Dna'nın Moleküler Yapısı ve Elektriksel İletkenliği Üzerindeki Etkilerinin İncelenmesi | Akın, Çağlanaz |
| Jul-2015 | Morphological Versatility in the Self-Assembly of Val-Ala and Ala-Val Dipeptides | Erdoğan, Hakan; Babur, Esra; Yılmaz, Mehmet; Candaş, Elif; Gordesel, Merve; Dede, Yavuz; Ören, Ersin Emre ; Demirel, Gökçen Birlik; Öztürk, Mustafa Kemal; Yavuz, Mustafa Selman; Demirel, Gökhan |
| 2019 | Nöraminidaz-oseltamivir Etkileşiminin Homoloji Modellemesi, Moleküler Kenetleme ve Moleküler Dinamik Teknikleri ile Analizi | Gökçe, Gizem |
| 2012 | Peptide-Directed Co-Assembly of Nanoprobes on Multimaterial Patterned Solid Surfaces | Hnilova M.; So C. R.; Oren E. E.; Wilson B. R.; Kacar T.; Tamerler C.; Sarıkaya M. |
| 2012 | Peptides To Bridge Biological-Platinum Materials Interface | Çetinel, Sibel; Dinçer, Sevil; Cebeci, Anıl; Ören, Ersin Emre ; Whitaker, John D.; Schwartz, Daniel T.; Karagüler, Nevin Gül; Sarıkaya, Mehmet; Tamerler, Candan |
| 2022 | Peptitlerin Altın (au) {111}-yüzeyi ile Etkileşimlerinin İncelenmesi | Özkaya, Didem |
| 2019 | Proteinlerin Mutasyon Haritalarının Çıkarılarak Evrimsel Değişimlerinin Tahmin Edilmesi: Örnek Olay İncelemesi Olarak Nöraminidaz Proteini (h1n1 Virüsü) | Candaş, Elif |
| 2021 | Role of Intercalation in the Electrical Properties of Nucleic Acids for Use in Molecular Electronics | Mohammad, Hashem; Demir, Buşra; Akın, Çağlanaz; Luan, Binquan; Hihath, Joshua; Ören, Ersin Emre ; Anantram, M. P. |
| Jun-2014 | Stranski-Krastanow Islanding Initiated on the Stochastic Rough Surfaces of the Epitaxially Strained Thin Films | Oğurtanı, Ömer Tarık; Çelik, Aytaç; Ören, Ersin Emre |
| 2014 | Yön Bağımlı Yüzey Özelliklerinin Etkisi Altında Heteroepitaksiyel Gerginliğe Sahip Kuantum Noktaların Oluşumunun Bilgisayar Modellemesi | Şengül, Mert Yiğit |
